Národný park Malá Fatra sa nachádza v severozápadnej časti Západných Karpát. Územie samotného národného parku zaberá celý orografický celok Krivánskej Malej Fatry. Je to posledné západne položené územie Karpát s pôvodnými a relatívne dobre zachovalými ekosystémami, v ktorých sa ešte udržujú základné ekologické a evolučné procesy.
Pre stredoeurópsku a západoeurópsku industrializovanú krajinu má mimoriadny význam ako významný ekostabilizačný prvok nadnárodného významu. Umožňuje totiž prenikanie západokarpatských druhov do susedných území, kde mnoho druhov v dôsledku intenzívnej ľudskej činnosti ustúpilo, alebo bolo v minulosti vyhubených.
Národný park Malá Fatra je osobitný mimoriadnou pestrosťou geologických a klimatických pomerov. To spolu s vertikálnou členitosťou prispelo k tomu, že sa tu vytvorila veľká rozmanitosť rastlinných a živočíšnych spoločenstiev.